[email protected]

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Bereich: Biochemie
Ziel: Analyse und Vorhersage der Proteinstruktur
Betreiber: Karlsruher Institut für Technologie
Land: Deutschland
Plattform: BOINC
Website: http://boinc.fzk.de/poem
Projektstatus
Status: aktiv
Beginn: Oktober 2007
Ende: noch aktiv

[email protected] (Protein Optimization with Energy Methods, Proteinoptimierung mit Energiemethoden) ist ein Projekt des Karlsruher Instituts für Technologie, das mittels der Technik des verteilten Rechnens versucht, Proteinstrukturen zu optimieren.

Hierzu verwendet es ein atomares Modell für die freie Energie der Proteine, daher funktioniert [email protected] sowohl bei neuen Proteinfaltungen als auch bei Anwendungen in der Nanobiotechnologie, für die keine experimentellen Daten vorliegen. Das Projekt wurde offiziell im Oktober 2007 gestartet. Die Basis der Berechnungen bildet die Software BOINC von der University of California, Berkeley. Derzeit liegt die Rechenleistung des Projekts bei ungefähr 443 TeraFLOPS (Stand: Juli 2012),[1] die je nach Tagesleistung schwanken kann.

Wissenschaftliche Relevanz

Es wird ein anderer wissenschaftlicher Ansatz zur Proteinfaltung als bei ähnlichen Projekten benutzt. Hierzu wird Christian B. Anfinsens nobelpreisgekrönte thermodynamische Hypothese verwendet, die besagt, dass Proteine in ihrem biologisch aktiven Zustand eine minimale freie Energie haben. Die ansonsten üblichen, an Rechenzeit aufwändigen Simulationsprozesse wurden so durch viel schnellere Optimierungsprozesse ersetzt.[2]

Obwohl [email protected] erst vor kurzer Zeit ins Leben gerufen wurde, konnten schon erste Resultate vorgewiesen werden.[3] Mit diesen Resultaten nimmt das Projekt auch an dem alle zwei Jahre stattfindenden internationalen Forschungswettbewerb CASP teil.

Ziele

[email protected] verfolgt folgende Ziele:

  • Vorhersage der biologisch aktiven Struktur von Proteinen
  • Verständnis der signalverarbeitenden Mechanismen während der Interaktion verschiedener Proteine miteinander
  • Verständnis von Krankheiten die auf Protein-Fehlfunktionen oder -Aggregationen beruhen
  • Entwicklung neuer Medikamente auf der Basis dreidimensionaler Strukturen biologisch wichtiger Proteine

Siehe auch

Quellen

Weblinks

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